Son sistemas jóvenes, a escala geológica. Las lagunas y la mayor parte de los lagos, permanecen desde pocas semanas o meses, -las estacionales-, a varios cientos de años, las más duraderas. Con el paso del tiempo acaban llenándose de sedimentos y colmatándose. Por este motivo la diversidad de especies es baja pues, aunque por su aislamiento debía ser alta, su corta duración no da tiempo a la aparición de nuevas especies. Una notable excepción es el Baikal, que es antiguo, y tiene muchas especies propias.
En un lago grande se distinguen las siguientes zonas:
zona litoral: con vegetación enraizada a lo largo de la orilla
zona limnética: aguas abiertas con fitoplancton.
zona profunda: con organismos heterotrofos por falta de luz suficiente para hacer fotosíntesis.
En las regiones templadas las aguas de los lagos suelen estar fuertemente estratificados en el verano. La parte superior más cálida (epilimnion) se aísla de la más fría (hipolimnion) por una zona llamada termoclina que actúa como barrera ante el intercambio de materiales. Esto hace que pronto sean insuficientes el suministro de O2 en el hipolimnion y de nutrientes en el epilimnion. Cuando llega el otoño se enfría la capa superior y, con la acción del viento las aguas se mezclan. Al mezclarse las aguas suele haber explosiones de fitoplancton porque la agitación del agua hace aflorar nutrientes a la superficie.
La producción primaria en estos ecosistemas suele depender de la naturaleza química de la cuenca y de los aportes que le llegan por afluentes o desde el fondo. Los lagos someros suelen ser más fértiles, porque a más profundidad hay menos producción.
Lagos eutróficos y oligotróficos
Según la abundancia de nutrientes (fosfatos y nitratos) en el lago se distinguen dos tipos:
a) Eutróficos.- Con las aguas ricas en nutrientes lo que facilita la proliferación de las algas. Cuando las algas mueren son descompuestas por las bacterias en procesos aeróbicos que consumen el oxígeno. Al terminarse el oxígeno muchos restos orgánicos quedan depositados en el fondo sufriendo procesos anaeróbicos que desprenden H2S (malos olores) y otros gases, dando un aspecto nauseabundo a las aguas en los casos de eutrofización extrema.
En estos lagos la luz penetra con dificultad en el agua y los seres vivos que se encuentran son los característicos de las aguas pobres en oxígeno (barbos, tencas, gusanos, etc.)
b) Oligotróficos.- Sus aguas son pobres en nutrientes y, por tanto, las algas no proliferan excesivamente, las aguas son claras y penetra la luz con facilidad, hay oxígeno en abundancia y la flora y la fauna es típica de aguas bien oxigenadas (truchas, larvas de libélulas, etc.)
Los lagos pueden tener diversos orígenes:
Por efecto de la erosión y deposición glacial se excavan cubetas que luego son rellenadas por el agua de la lluvia y el deshielo.
Los meandros formados por los ríos pueden quedar separados, formándose lagos en forma de media luna.
Los movimientos de la corteza terrestre llevan en ocasiones a la aparición de depresiones que pueden llenarse de agua.
En algunos cráteres de volcanes extinguidos también pueden formarse lagos.
Los deslizamientos de tierras pueden formar lagos cuando bloquean los ríos y valles.
Sin embargo, también podemos encontrar lagos y lagunas cuyo origen no es debido a causas geológicas:
Los castores represan los ríos formando lagunas someras aunque en ocasiones extensas.
Los hombres crean inmensos lagos para producir energía eléctrica, regadío o almacenamiento de agua y construyen pequeños estanques y pantanos para actividades recreativas, para pescar o simplemente para albergar fauna.
En minas y canteras abandonadas también pueden formarse charcas.
Colombia, estrictamente hablando no tiene "lagos" propiamente dichos. En Colombia prácticamente no hay lagos pero sí lagunas, y una de las mayores lagunas de Colombia es la Laguna de La Cocha, al sur del país, en el Nudo de los Pastos. Esa laguna tiene una longitud de 25 km por 5 km de ancho, con una profundidad máxima de 75 metros. Otra de las grandes lagunas de Colombia es la Laguna de Tota, en el centro del país (Boyacá), con una longitud de 13 km y un ancho de 8 km. La Laguna de Tota tiene una profundidad media de 58 metros. Las temperaturas en la zona varían entre 0 y 22 grados centigrados. Por otra parte, la laguna más linda que hay en Colombia es la Laguna de la Plaza
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